У грі Naruto: Ultimate Ninja Storm гравці будуть битися у великому 3D-середовищі, використовуючи божественні атаки дзюцу, блокуючи супротивників, піднімаючись на стіни в унікальних боях. Ви також маєте право налаштувати стиль бою свого персонажа та набрати 2 додаткових персонажа підтримки для спільної боротьби.
Naruto: Ultimate Ninja Storm зберігає основний геймплей серії Ultimate Ninja, випущеної раніше, але ігрове середовище оновлено до 3D у порівнянні з 2D попередника. Новою функцією в цьому розділі є Режим пробудження - трансформація активується, коли гравець втрачає певну кількість сили (здоров’я) в матчі. Сила кожного символу буде змінюватися залежно від типу трансформації. Після активації персонаж отримає нові здібності, швидшу швидкість та різкі атаки. Кілька персонажів отримають новий стиль руху після перетворення.
За допомогою D-Pad ви можете використовувати вбудовані предмети в бою, щоб пошкодити супротивників або створити ефекти стану, такі як сила атаки, послаблюючи захист противника.
Підтримується режим Jutsu Clash, який з’являється, коли геймери одночасно активують спеціальні атаки. Ви повинні швидко натиснути відповідну клавішу, щоб вибити противника. Кожен персонаж матиме Ultimate Jutsu, просто введіть команду, натисніть відповідну кнопку або обертайте ігровий контролер якомога швидше за обмежений час. Якщо гравець, який атакує, виграє, буде активовано Ultimate Jutsu, що забирає 1/3 рівня сили противника. Якщо гравець оборони виграє, він уникне основного збитку.
Гра Naruto Ninja Storm включає 25 персонажів, можливо зіграти за головного героя або підтримку.