В игре Naruto: Ultimate Ninja Storm игроки будут биться в большой 3D-среде, используя божественные атаки дзюцу, блокируя противников, поднимаясь на стены в уникальных боях. Вы также имеете право настроить стиль боя своего персонажа и набрать 2 дополнительных персонажа поддержки для совместной борьбы.
Naruto: Ultimate Ninja Storm сохраняет основной геймплей серии Ultimate Ninja, выпущенной ранее, но игровая среда обновлено до 3D по сравнению с 2D предшественника. Новой функцией в этом разделе есть Режим пробуждения - трансформация активируется, когда игрок теряет определенное количество силы (здоровье) в матче. Сила каждого символа будет меняться в зависимости от типа трансформации. После активации персонаж получит новые способности, быструю скорость и резкие атаки. Несколько персонажей получат новый стиль движения после преобразования.
С помощью D-Pad можно использовать встроенные предметы в бою, чтобы повредить противников или создать эффекты состояния, такие как сила атаки, ослабляя защиту противника.
Поддерживается режим Jutsu Clash, который появляется, когда геймеры одновременно активируют специальные атаки. Вы должны быстро нажать соответствующую клавишу, чтобы выбить противника. Каждый персонаж будет иметь Ultimate Jutsu, введите команду, нажмите соответствующую кнопку или вращайте игровой контроллер можно скорее ограниченное время. Если игрок, который атакует, выигрывает, активируется Ultimate Jutsu, что отнимает 1/3 уровня силы противника. Если игрок обороны выигрывает, он избежит основной ущерб.
Игра Naruto Ninja Storm включает 25 персонажей, возможно сыграть за главного героя или поддержку.