Події у грі розгортаються в 1996 році. Лара Крофт в Колкаті, Індія. Там вона зустрічає давнього і, судячи з її реакції, не найкращого знайомого — Ларсона Конвея. Він знайомить її зі своїм босом — Жаклін Натла, головою корпорації «Natla Technologies». Міс Натла пропонує Ларі зайнятися пошуками «Спадщини Атлантиди», начебто для її наукових досліджень. Лара погоджується і Натла повідомляє їй місце знаходження першої частини Спадщини — Перу. Лара негайно летить туди.
Бойова система значно відрізняється від попередньої частини. Героїня автоматично прицілюється в супротивників, що дозволяє вести вогонь під час руху. З'явився режим уповільнення часу з використанням Quick Time Events, що дає змогу в деяких випадках застосувати певну стратегію, щоб перемогти ворога. При сутичці з більш сильними ворогами є можливість використовувати Adrenaline Dodge (адреналінове ухиляння). За допомогою такого прийому героїня швидко ухиляється від атаки ворога, і має можливість прицільно вистрілити в голову.
Взаємодія з навколишнім світом дозволяє використовувати великий набір акробатичних прийомів. Лара Крофт здатна швидко бігати, стрибати, лазити по стінах, використовуючи різні виступи. На мотузці або перекладені можна розгойдуватися, щоб зробити дальній стрибок. Тримаючись за закріплену мотузку Лара зможе бігати по стінах.