2016 рік. Літак захоплено невідомими терористами. На борту літака знаходиться сенатор Хач, видатний політик США, який може стати наступним президентом країни. В обмін на сенатора терорист хоче щось від уряду США. Ви не знаєте, що це таке, але воно має кодове ім'я "Піфагор". Оскільки передати його терористу уряд не планує, він відправляє вас, відомого спеціального агента Соліда Снейка, врятувати сенатора та з'ясувати, хто насправді стоїть за викраденням.
Дія Metal Gear Acid відбувається у знайомому всесвіті Metal Gear і графічно нагадує ігри цієї серії для PS2, але її ігровий процес сильно відрізняється від інших ігор. Metal Gear Acid поєднує традиційний стелс-геймплей зі стратегією. Це покрокова гра, в якій ви плануєте свої ходи, вибираючи гральні карти, доступні у колоді карт. Кожна карта є дія: атака, рух і т. д. Ви повинні ретельно планувати свої дії, щоб залишатися непоміченими, а також заздалегідь планувати, які карти ви хочете залишити в наступному раунді, а якими ви готові пожертвувати, щоб зробити ефективний хід негайно .