Селище прихованого листя потрапляє в біду після того, як над селом спускається літаюча фортеця, яка починає виснажувати жителів села. Приєднавшись до своїх друзів, Наруто проникає в замок у пошуках того, хто стоїть за приходом фантомної фортеці, під час якого його страждають видіння жінки в масці з вендетою проти Листя ніндзя.
Фортеця має понад сотню поверхів, з якими ви зможете пройти бій, а також містить головоломки, які вам потрібно буде розгадати. Вам також допоможуть 20 персонажів з аніме-серії, кожен з яких має свої особливі ходи та комбо.
Ігрово мудро, The Phantom Fortress - це 2D скандаліст ніндзя. Ви маєте доступ до спеціальних ходів. Скільки з них ви можете використовувати, визначається вашим датчиком чакри. Фортеця Фантом також має шість спеціальних багатокористувацьких режимів, які включають ігри 1v1 та 1v2, щоб ви могли грати з іншими користувачами PSP.