Це пряме продовження гри Patapon. Крихітні воїни-очкарі повертаються в своєму прагненні знайти "ІТ" в Earthend. Щоб допомогти їм у різних випробуваннях, гравець знову бере на себе роль "Могутнього" або "Могутнього Патапона", який веде їх, граючи на священних барабанах Пата, Пон, Чака і Дон в такт грі BGM. Різні комбінації означають різні накази, які виконують Патапони.
Сама гра являє собою послідовність рівнів, доступ до яких здійснюється з Патаполіса, більшість з яких повторюються, але з кожним разом збільшуються в складності.
Патапони тепер мають допомогу Героя Патапона, який може бути будь-якого типу Патапона, доступного в грі, якщо вони розблоковані. Герой має таку ж статистику, як і інші Патапони, але може мати різні атрибути, залежно від того, яку маску він одягнений. У нього також є різні спеціальні здібності, що відповідають типу Патапона, на який він одягнений.
До міні-ігор та різноманітних можливостей, взятих з першої гри, додано нові, а також дерево еволюції, в якому кожен Патапон може змінювати свій зовнішній вигляд, підвищувати рівень і набувати різних властивостей.
Тепер кілька гравців можуть грати разом через Святилище Патагейт, використовуючи свій унікальний персоналізований Патапон Героя, щоб перемогти гігантських босів і зруйнувати ворожі фортеці. При цьому ви отримуєте такі скарби, як нові маски для героя, коупони (Hero Patapon NPC), різноманітні матеріали та спорядження.