Сикс, 9-летняя девочка в желтом плаще, пробуждается от сна о женщине в кимоно и маске Но. Вооруженная только зажигалкой, она пробирается в недра Мау, массивного подводного железного судна. На протяжении всего пути она встречает Номов: маленьких, пугливых существ, которые либо убегают от нее, либо пассивно наблюдают за ее усилиями. У нее есть возможность обнимать номов, если она приблизится к одному из них. В тюрьме, где содержатся пленные дети, Сикс уклоняется от плотоядных пиявок, населяющих ее глубины, и искусственных глаз, которые превратят ее в камень, если она попадет в их свет. Шесть также регулярно испытывает изнурительные приступы голода; всякий раз, когда она ест, появляется теневая, мерцающая версия ее самой. Съев немного хлеба, предложенного заключенным ребенком, Сикс попадает в плен к слепому, длиннорукому Уборщику. Ей удается бежать, но она не пытается помочь другим пленным детям. Она падает в комнату, заваленную кучами обуви, и спасается от невидимого монстра, зарывшегося под ней. Уборщик в конце концов ловит Сикс, но она отрубает ему руки рухнувшей дверью.
Игра Little Nightmares II похожа на свою предшественницу; ее действие происходит в 2,5D мире. Игрок должен исследовать мир, время от времени сталкиваясь с ситуациями, похожими на платформер, или оказываясь заблокированным головоломками, которые необходимо решить, чтобы пройти дальше. В отличие от первой игры, игрок не совсем беспомощен; у Моно есть возможность хватать определенные предметы и размахивать ими, чтобы ломать предметы или отбиваться от мелких врагов, хотя он, как и Сикс, должен полагаться на скрытность и окружающую среду, чтобы уклониться от более крупных врагов. Игрок также может окликнуть Сикс и взять ее за руку, чтобы убедиться, что они остаются вместе, и часто должен работать вместе с ней, чтобы решить головоломки окружающей среды, победить врагов или уклониться от них. В игре также есть коллекционные шляпы и глючащие останки, последние из которых разблокируют дополнительную сцену, если собрать их все.