FIFA Soccer 06 - это второе появление серии на PSP всего через полгода после предыдущей игры. Она включает в себя большинство режимов предыдущей игры (сокращенный выбор из консольных версий), а также обновление команд и составов, пересмотр элементов управления и добавление нескольких новых функций, включая эксклюзивную мини-игру.
В игре участвуют команды из 25 лиг из 18 стран, а также различные команды из остального мира и 40 международных команд. Режимы игры включают в себя опцию «Играть сейчас» для товарищеских матчей, а также сезонных и турнирных игр (каждый из которых настраивается). Вызовы, давний элемент портативных записей в серии, также возвращаются с 20 камбэками и 20 испытаниями разгрома из сезона 2004–2005 годов, завершение которых открывает доступ к специальному редактору испытаний. В дополнение к возвращающемуся специальному режиму был добавлен многопользовательский режим с инфраструктурой.
Эксклюзивная мини-игра называется жонглирование. Выбирая одного из включенных лицензированных игроков, цель состоит в том, чтобы удерживать мяч в воздухе, подпрыгивая им по ногам и голове. В игре держите PSP боком, чтобы игрок был на виду. Значок указывает, какую из кнопок со стрелками необходимо нажать, когда шарик находится в центре значка. Игра ведется на высокий балл, а более высокие уровни игры увеличивают сложность.
Доработано управление во время обычного игрового процесса. В частности, элементы управления First Touch и Freestyle больше не отображаются на панель направления, а вместо этого отображаются на аналоговый джойстик с плечевой кнопкой в качестве модификатора.