Ninja Gaiden Sigma - это ремейк Ninja Gaiden Black, обновленный для платформы PlayStation 3. Основная сюжетная линия осталась прежней, с добавлением нового играбельного персонажа, Рейчел, охотницы на демонов. У нее 11 миссий в режиме миссий (2 скрытые) и она может играть в 3 своих главах. Она владеет боевым молотом, Хвостом Пелуды (хлыстом) для снарядов и Клинками Уроборуса для нинпо. В то время как главный герой Рю разблокирует костюмы, для нее есть 7 новых причесок.
Есть изменения и для Рю. Его техника обратного ветра была изменена, он может бежать по воде, плавая и сражаясь одновременно, он может пускать стрелы в воздухе, а также использовать восстанавливающие предметы, не заходя в меню. Есть одно новое оружие - "Коготь дракона" и "Клык тигра", набор двойных катанов, а копье стало метательным оружием.
В целом, графика была доработана с учетом возможностей высокой четкости PS3, некоторые FMV-последовательности превратились во внутриигровые cut-scenes, изменены расположение предметов, встречи, развитие сюжета, AI и повреждения, три новых врага (байкеры MSAT, русалки, призрачные костры) и два новых босса (Гарнов, Альтернатор). Игроки также могут встряхивать контроллер SIXAXIS, чтобы увеличить силу наносимых нинпо.