Ninja Gaiden Sigma - це ремейк Ninja Gaiden Black, оновлений для платформи PlayStation 3. Основна сюжетна лінія залишилася колишньою, з додаванням нового грабельного персонажа, Рейчел, мисливці на демонів. У неї 11 місій у режимі місій (2 приховані) і вона може грати у 3 своїх розділах. Вона володіє бойовим молотом, Хвостом Пелуди (хлистом) для снарядів та Клинками Уроборуса для Нінпо. У той час, як головний герой Рю розблокує костюми, для неї є 7 нових зачісок.
Є зміни і для Рю. Його техніка зворотного вітру була змінена, він може бігти по воді, плаваючи і борючись одночасно, він може пускати стріли в повітрі, а також використовувати відновлювальні предмети, не заходячи в меню. Є одна нова зброя - "Кіготь дракона" і "Ікло тигра", набір подвійних катанів, а спис став метальною зброєю.
В цілому, графіка була доопрацьована з урахуванням можливостей високої чіткості PS3, деякі FMV-послідовності перетворилися на внутрішньоігрові cut-scenes, змінені розташування предметів, зустрічі, розвиток сюжету, AI та пошкодження, три нових ворога (байкери MSAT, русалки, примарні вогнища) та два нових боса (Гарнов, Альтернатор). Гравці також можуть струшувати контролер SIXAXIS, щоб збільшити силу нинпо, що наносяться.