Город Кальдера находится в глубокой беде. Крепость Кристалла, последнее убежище Инквизиции и Старой Империи, скрывает таинственную пещеру, которая может защитить ее от нападения Титанов. К счастью, два Титана начали сражаться друг с другом, что дает Инквизиции время скоординировать свои действия на суше. Однако морское чудовище, известное как Кракен, нападает и уничтожает их корабли в море. Пираты, бродящие вокруг, мешают доставке припасов в крепость. В это нелегкое время герой отправляется на поиски легендарного сокровища и, возможно, найдет способ уничтожить Титанов.
Risen 2: Dark Waters - это ролевая игра в жанре экшн и прямое продолжение Risen. В ней действует тот же главный герой, теперь уже член Инквизиции. Действие игры происходит через несколько лет после событий первой игры, в пиратском мире в стиле Карибского моря. Геймплей более или менее повторяет рецепт всех остальных ролевых игр Piranha Bytes, начиная с Gothic, делая акцент на постепенном исследовании мира, боевых действиях и квестах.
Новым в дизайне RPG в стиле Piranha Bytes является введение вербальных навыков, таких как "Серебряный язык" и "Запугивание", которые открывают уникальные ответы во время разговора, если игрок натренировал соответствующий навык. Очки опыта начисляются игроком вручную для развития основных атрибутов главного героя; таланты и способности, связанные с этими атрибутами, должны быть, однако, разблокированы платными персонажами, которые могут обучить героя им. Магическая система подверглась серьезной переработке: теперь акцент сделан на магии вуду, которая работает с заклинаниями и проклятиями, контролирующими сознание. Ближний бой теперь дополнен огнестрельным оружием: пистолетами, мушкетами и т.д. Главный герой может одновременно орудовать мечом и пистолетом, однако оружие требует времени на остывание после каждого выстрела, которое можно уменьшить, повысив соответствующий навык. Иногда персонажи, управляемые искусственным интеллектом, присоединяются к герою и помогают ему в бою.