Місто Кальдера знаходиться великій біді. Фортеця Кристала, останній притулок Інквізиції і Старої Імперії, приховує таємничу печеру, яка може захистити її від нападу Титанів. На щастя, два Титана почали битися один з одним, що дає Інквізиції час скоординувати свої дії на суші. Однак морське чудовисько, відоме як Кракена, нападає і знищує їх кораблі в море. Пірати, що бродять навколо, заважають доставці припасів до фортеці. У цей нелегкий час герой вирушає на пошуки легендарного скарбу і, можливо, знайде спосіб знищити Титанів.
Risen 2: Dark Waters - це рольова гра в жанрі екшн і пряме продовження Risen. У ній діє той же головний герой, тепер уже член Інквізиції. Дія гри відбувається через кілька років після подій першої гри, в піратському світі в стилі Карибського моря. Геймплей більш-менш повторює рецепт всіх інших рольових ігор Piranha Bytes, починаючи з Gothic, роблячи акцент на поступовому дослідженні світу, бойових діях і квестах.
Новим в дизайні RPG в стилі Piranha Bytes є введення вербальних навичок, таких як "Срібний мову" і "Залякування", які відкривають унікальні відповіді під час розмови, якщо гравець натренував відповідний навик. Очки досвіду нараховуються гравцем вручну для розвитку основних атрибутів головного героя; таланти і здібності, пов'язані з цими атрибутами, повинні бути, однак, розблоковані платними персонажами. Магічна система піддалася серйозній переробці: тепер акцент зроблений на магії вуду, яка працює з заклинаннями і прокльонами, контролюючими свідомість. Близький бій тепер доповнено вогнепальною зброєю: пістолетами, мушкетами і т.д. Головний герой може одночасно орудувати мечем і пістолетом, однак зброя вимагає часу на охолодження після кожного пострілу, яке можна зменшити, підвищивши відповідний навик. Іноді персонажі, керовані штучним інтелектом, приєднуються до героя і допомагають йому в бою.