В канун Нового 1958 года Хайман Рот праздновал не только свой день рождения, но и успешную экспансию семьи Корлеоне, которую вот уже пятнадцать лет успешно возглавляет дон Майкл Корлеоне, на Кубу. Но празднование продолжалось недолго, когда внезапно началась "la revolucion" и начался настоящий ад. Майклу и Хайману удается спастись вместе с большинством других членов семьи, но Альдо Трапани (главный герой "Крестного отца") погибает - как раз в тот момент, когда пять новых семей угрожают контролю семьи Корлеоне над Нью-Йорком, Флоридой и Лас-Вегасом. Будучи одним из ближайших солдат Альдо Трапани, игрок вживается в роль Доминика, чтобы помочь Майклу и семье Корлеоне выиграть войну, а также создать свою собственную семью.
Оглядываясь через плечо Доминика, игрок свободно перемещается по трем городам, изображающим Нью-Йорк, Флориду и Кубу конца 50-х - начала 60-х годов, путешествуя между ними на самолете. Связанные основной сюжетной линией, главной целью Доминика является увеличение своей семьи и уничтожение пяти других семей. Это делается в два основных этапа: Захват бизнеса и убийство так называемых "Сделанных людей". Захват бизнеса происходит так же, как и в предшественнице: Войдите в магазин/цех/фабрику/строительную площадку, сразитесь с вражескими охранниками и найдите человека с крестным знаком над головой. Именно ему игрок должен угрожать до тех пор, пока тот не прекратит сопротивление и не начнет платить взносы Доминику, а не другой семье.