Холодна війна, ситуація, що виникла після Другої світової війни, коли світ розривався між Сходом і Заходом, ось-ось нагріється, коли Рада повернула свого головного вченого Миколу Степановича Соколова завдяки угоді з урядом США про виведення ядерної зброї. ракети з Куби. Тепер, коли Соколов у їхніх руках, вони повинні розробити нову потужну зброю, і, усвідомивши невідкладність ситуації, ЦРУ розробило план повернення Соколова. Вони спрямовують таємний підрозділ FOX до дослідницького центру Соколова, розташованого на південь від великої радянської фортеці Грозний Град. FOX, очолюваний колишнім членом SAS майором Зеро, є підрозділом спецназу нового покоління, який діє як спеціалізована бойова група і як секретна розвідувальна група. Метод роботи підрозділу FOX полягає в тому, щоб відправити одного агента, підтримуваного здалеку радіопідтримкою, на ворожу територію для виконання одиночної прихованої місії.
24 серпня 1964 року ні з того ні з сього з'являється самотній солдат. Кодове ім'я чоловіка – Naked Snake. Тепер це війна однієї людини, і майбутнє світу тепер може повністю лежати на її плечах.
Metal Gear Solid 3: Snake Eater – приквел усієї серії Metal Gear. Більшість визначальних елементів ігрового процесу серії було перенесено. Як і раніше, Снейк повинен використовувати скритність і кмітливість, а не грубу силу, щоб проникнути у ворожі зони та знищити своїх головних супротивників. Також є набори дій та битви з босами, які вимагають від гравця з'ясувати слабкі місця ворога та використати унікальну тактику, щоб перемогти його.
Додано кілька визначних особливостей ігрового процесу. На відміну від попередніх ігор, більша частина дії в цій частині відбувається на відкритому повітрі, (географічно неточних) джунглях. Змія вміє маскуватися: лазити по деревах, ховатися у високій траві або носити одяг, який робить його менш помітним. Змія також може втомитися та зголодніти; необхідно збирати пайки або навіть полювати диких тварин. Він може отримати травми (наприклад, зламати руку), з якими потрібно поводитися особливим чином, на відміну єдиної смуги здоров'я попередників.