Холодная война, ситуация, возникшая после Второй мировой войны, когда мир разрывался между Востоком и Западом, вот-вот нагреется, когда Советы вернули своего главного ученого Николая Степановича Соколова благодаря соглашению с правительством США о выводе ядерного оружия. ракеты с Кубы. Теперь, когда Соколов в их руках, они должны разработать новое мощное оружие, и, осознав безотлагательность ситуации, ЦРУ разработало план по возвращению Соколова. Они направляют тайное подразделение FOX в исследовательский центр Соколова, расположенный к югу от великой советской крепости Грозный Град. FOX, возглавляемый бывшим членом SAS майором Зеро, представляет собой подразделение спецназа нового поколения, которое действует как специализированная боевая группа и как секретная разведывательная группа. Метод работы подразделения FOX заключается в том, чтобы отправить одного агента, поддерживаемого радиоподдержкой издалека, на вражескую территорию для выполнения одиночной скрытой миссии.
24 августа 1964 года, ни с того ни с сего появляется одинокий солдат. Кодовое имя мужчины - Naked Snake. Теперь это война одного человека, и будущее мира теперь может полностью лежать на его плечах.
Metal Gear Solid 3: Snake Eater — приквел всей серии Metal Gear. Большинство определяющих элементов игрового процесса серии были перенесены. Как и прежде, Снейк должен использовать скрытность и смекалку, а не грубую силу, чтобы проникнуть в вражеские зоны и уничтожить своих главных противников. Также присутствуют наборы действий и битвы с боссами, которые требуют от игрока выяснить слабые места врага и использовать уникальную тактику, чтобы победить его.
Добавлено несколько примечательных особенностей игрового процесса. В отличие от предыдущих игр, большая часть действия в этой части происходит на открытом воздухе, в (географически неточных) джунглях. Змея умеет маскироваться: лазить по деревьям, прятаться в высокой траве или носить одежду, которая делает его менее заметным. Змея также может устать и проголодаться; необходимо собирать пайки или даже охотиться на диких животных. Он может получить травмы (например, сломать руку), с которыми нужно обращаться особым образом, в отличие от единственной полосы здоровья предшественников.