Frogger: Helmet Chaos - це платформна гра зверху вниз, в якій головним героєм є аркадна жаба вісімдесятих, але тепер у 3D. Основним геймплеєм залишається гра, оскільки жаба рухається на один (невидимий) квадрат за натискання клавіші, що зберігає відчуття оригінальної аркадної гри замість сучасної, більш плавної механіки руху.
Коли Фроггер забирається на дерево, щоб отримати місячний плід для Тоді, його друг зникає, коли він повертається. Він слідкує за його слідами і виявляє, що Тоді перебуває під контролем доктора Вані, який наказав своїм міні-крокодилам накласти шоломи для контролю розуму на всіх жителів країни. Фроггер повинен це скасувати.
Гра складається з різних невеликих рівнів з елементами головоломки. Frogger можна переміщати одним квадратом за рух, або двома для звичайного стрибка. Цей механік найчастіше використовується для навігації по лабіринтових платформах водою. Як не дивно, Фроггер тоне при дотику до рідини. Під час пересування він може збирати монети, і є контрольно-пропускні пункти для збереження прогресу. Він може язиком штовхати або тягнути предмети, або гойдатися з гілок. Існує також вертикальний стрибок, щоб дістатися до об’єктів в повітрі, і він може повернутися на 90 градусів, щоб повернутися в інший напрямок. Жаба має обмежену кількість життів, але її можна відновити, підібравши яблуко.
Історія продовжується через намальовані кадрові послідовності зі статичними зображеннями та озвучкою (на PSP є лише написаний текст для версії DS). Версія PSP підтримує обмін іграми, тоді як на верхньому екрані DS відображається статистика гри під час відтворення сюжетного режиму. Існує також сім міні-ігор, включаючи оригінальний аркадний Frogger, але з полірованою графікою, а також капелюхи та костюми для розблокування зібраними монетами.