Jak 3 — трехмерный платформер, продолжение Jak II. Прошел год с тех пор, как Джак и Дакстер спасли Хейвен-Сити от Кора и атакующих Металлических Голов, но Хейвен-Сити все еще погружен в смертельный хаос, поскольку три группы сражаются за контроль над улицами. Жители Хейвен-Сити стали не доверять темным силам Джака, и, поскольку ходят слухи о связях Джака с Крю и Кором, город обвиняет Джака в нынешних ужасных обстоятельствах. Когда дворец разрушен внезапным нападением Металлической Головы, даже Ашелин не может защитить Джака, поскольку влиятельный посредник Высшего Совета, граф Вегер, вынуждает Джака изгнать в пустынную Пустошь. Джака увозят на суровый остров и бросают. С храбрыми Дакстером и Пекером на его стороне, трое начинают свое следующее приключение, где битва за город только началась.
Геймплей включает в себя платформеры, гонки на транспортных средствах, спасательные миссии, ховер-бординг, мини-игры и стрельбу по различным врагам (включая битвы с боссами). Оружие, включая дробовик, снайперскую винтовку, пулемет и мощное взрывное оружие из предыдущей игры, а также по два улучшения для каждого оружия. Улучшения становятся доступными после прохождения игры, и в конце игрок может свободно переключаться между этими двенадцатью видами оружия.